Franz Eckert studierte Musik und wurde Kapellmeister in der deutschen Kriegsmarine. 1879 wurde er nach Japan entsandt, um beim Aufbau der Militärmusik in der neuen japanischen Armee zu helfen. Er arbeitete auch für das japanische Kultusministerium und das Kaiserhaus. In Schule und Militär lernten nun Japaner westliche Musik kennen. Doch Eckert interessierte sich auch für die einheimische Musiktradition. 1880 vertonte er im Auftrag der japanischen Regierung auf der Grundlage klassischer japanischer Musik die bis heute verwendete japanische Nationalhymne Kimi ga yo. 1899 verließ er Japan. Doch 1901 wurde er vom koreanischen Kaiserhof verpflichtet, um auch dort westliche Musik einzuführen. 1902 komponierte er die Nationalhymne des Kaiserreichs Korea. Als Korea 1910 japanische Kolonie wurde, wurde diese Hymne allerdings abgeschafft und durch die japanische ersetzt, die auch von Eckert stammte.

Eckert starb 1916 in Seoul, wo sich auch sein Grab befindet.

Der Bildhauer Axel Richter schuf diese Medaille auf dem Grabstein für Franz Eckert auf dem Ausländerfriedhof in Seoul.